Il punto principale è raccogliere una quantità di biomassa microbica sufficiente per eseguire il sequenziamento e ridurre al minimo la contaminazione del campione; per questo motivo si possono utilizzare tecniche di arricchimento. In particolare, l' operazione di estrazione DNA deve essere buona per ogni ceppo batterico, per non avere i genomi di quelli facili da lisare. La lisi meccanica è comunemente preferita al posto della lisi chimica e il bead bead può provocare la perdita di DNA durante la preparazione della libreria.
Preparazione della libreria e sequenziamento
Le piattaforme più utilizzate sono Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore MinION e Pacific Bioscience Sequel, nonostante la piattaforma Illumina sia considerata l'opzione più interessante per la sua ampia disponibilità, alto rendimento e precisione. Non ci sono indicazioni sulla corretta quantità di campione da utilizzare.
Assemblaggio metagenoma
Viene sfruttato l'avvicinamento di de novo ; tuttavia presenta alcune difficoltà da superare. La copertura dipende dall'abbondanza di ciascun genoma nella sua specifica comunità; genomi a bassa abbondanza possono subire frammentazione se la profondità di sequenziamento non è sufficiente per evitare la formazione di lacune. Fortunatamente, ci sono assemblatori specifici del metagenoma per aiutare, poiché, se sono presenti centinaia di ceppi, la profondità di sequenziamento deve essere aumentata al massimo.
Immagine 331A | Diagramma di flusso che illustra come viene studiato il microbioma umano a livello DNA. | Axtian / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Microbiome_analysis_flowchart.png) da Wikimedia Commons
Author : Rogers Nilstrem
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