Il sequenziamento SMRT si basa sul sequenziamento mediante sintesi a portata di mano. Il DNA è sintetizzato in guide d'onda a modalità zero (ZMW) - piccoli contenitori a forma di pozzo con gli strumenti di cattura situati sul fondo del pozzo. Il sequenziamento viene eseguito con l'uso di polimerasi non modificata (attaccata al fondo ZMW) e nucleotidi marcati in modo fluorescente che fluiscono liberamente nella soluzione. I pozzetti sono costruiti in modo che venga rilevata solo la fluorescenza che si verifica sul fondo del pozzetto. L'etichetta fluorescente viene staccata dal nucleotide al momento della sua incorporazione nel filamento DNA, lasciando un DNA non modificato DNA Strand. Secondo Pacific Biosciences (PacBio), lo sviluppatore della tecnologia SMRT, questa metodologia consente il rilevamento di modificazioni nucleotidiche (come la metilazione della citosina). Ciò avviene attraverso l'osservazione della cinetica della polimerasi. Questo a portata di mano consente analisi di 20.000 nucleotidi o più, con lunghezze di lettura medie di 5 kilobasi. Nel 2015, Pacific Biosciences ha annunciato il lancio di un nuovo strumento di sequenziamento chiamato Sequel System, con 1 milione di ZMW rispetto ai 150.000 ZMW dello strumento PacBio RS II. Il sequenziamento SMRT è indicato come sequenziamento di "terza generazione" o "a lettura lunga".
Immagine 151A | Le analisi di concatenazione multiple e frammentate devono essere assemblate sulla base delle loro aree di sovrapposizione. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) da Wikimedia Commons
Autore : Milos Pawlowski
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